こんにちは。
まずファロからBenagil のエリアまでだと車で行くしかないと思います。Benagil caveは、Benagil beachのすぐ隣で、今はオフシーズンのためボートが出ているか定かでないのですが、Benagil beach からウォータータクシーのようなものがでています。 私が去年いった時は、ピックアップ時間を決めて、その時間にまた迎えにきてもらうかたちでした(潮がひいているタイミングだと、洞窟のなかを歩き回ることもできるので、洞窟内でしばらく過ごしました)
この周辺ではあらゆるビーチや港からボートツアーが出ていて、だいたいのツアーではこの洞窟に訪れます。(最も有名なので)ただし船上からの見学で洞窟内に上陸しないものもあります。
出先のため、また後ほどこの船会社の連絡先を調べてみますね。
Algarve 楽しんでくださいね！

こんにちは、はじめまして。

わたしが住んでいるのは南部のアルガルヴェ地方で、Penicheにも一回しか行ったことがないので、残念ながらあまり詳しくお答えできませんが、ポルトガルにいらっしゃるのが暖かい時期で、自然がお好きであれば、Peniche沖の離島、Berlengasはお勧めですよ。Penicheの港から、船でアクセスできます。

・Ilha da Berlenga Travel Guide
http://www.virtualtourist.com/travel/Europe/Portugal/Distrito_de_Leiria/Ilha_da_Berlenga-291899/TravelGuide-Ilha_da_Berlenga.html

他には、Nazareはいかがですか？Penicheから１日３本くらいですがバスが出ているようです。（所要時間は片道７０分くらい）

・ようこそポルトガル　－　ナザレ
http://yokoso-portugal.com/information/places/nazare/
・バス会社のHP
http://www.rede-expressos.pt/

参考になれば幸いです。ポルトガル滞在楽しんでくださいね！