私もよくペンステーションを利用しますし、深夜になることもたまにあります。私は駅構内はそんなに危険だとは思いません。ポリスも常駐してますし。ただし安全だとも思いません。酔っ払いやホームレスの人達、始発を待つ人もいますが行くあてもなく構内をウロウロしている人もいます。ある程度の緊張感や危機感を持っていれば大丈夫だと思います。
またペンステーションを出た所も安全ではないです。なるべく早くタクシーに乗るなどした方がいいと思います。