中欧を旅行する予定ですが、Flixbusを使う予定です。荷物について教えてください

原則として、手荷物7kgと預入れキャリーケース20kg以内であればチケット料金に含まれています。ですので、もしFlixbusのアプリで予約される場合は、追加で20kg、約6.50€を選択して予約されることをお勧めします。
スリに関しては、バスの預け入れカバンを丸ごと盗まれるという様な事は聞いたことはないですが、リュックのジッパーなどを開けられる事がたまにあるとのことなので、お手持ち周り品は十分にご注意下さい。

普通サイズはバス内に持ち込む事ができます。

33Lは席をもう一つ設けるのも悪くないかもしれません。
私個人としては、flixを頻繁に使いますがトラブルはありませんでした。預け荷物も然りです。