サンフランシスコ空港はそんなに大きくないので、乗り換えに時間はかからないですよ。
空港からサンフランシスコダウンタウンへもタクシーで３０分前後、（＄４０前後）、
電車で35分（片道＄9.65）ですので、観光も可能かと。

アルカトラズ島は３時間あれば回ることが可能ですので、
宿泊なしでも可能かと思います。（大変なスケジュールになるかと思いますが。。。）
ロサンゼルスからの移動、サンフランシスコ国際空港からアルカトラズ島までの移動時間等考えると、宿泊するほうをおすすめします。
サンフランシスコにはアルカトラズ島のみでなく、ゴールデンゲートブリッジ、ランバートストリート、フィッシャーマンズワーフ、ケーブルカー等の観光地がありますので、そちらもいかれると
いいかと思います。
食事もおいしいですよ！
カニ、生のオイスター、クラムチャウダーなど！
ホテルはダウンタウン内がおすすめですが、少し高めですが日航ホテル、ヒルトンが場所的にも便利ですし日本語が話せるスタッフもいるから安心かと。