一度羽田に行ってから明治神宮に行かれるのですか？
羽田には大きいコインロッカーがありますが、国際線の第三ターミナルには無かったように思います。
しかし手荷物預かりが24時間空いております。

それと、どこのカードラウンジをお使いになるかわかりませんが、チェックイン前に使えるラウンジなのかまた、お持ちのゴールドカードでそちらを使えるのか今一度確認した方がいいです。