Hiroさん、こんにちは。
まず確認ですが、“午後＋１日＋夜まで（夜中便）”とは、一泊二日、二日目の深夜の便で出られるという事で間違いないでしょうか。

1日目午後～
メキシコシティ中心部（Centro：セントロ）の観光がよいかと思います。
セントロは、歴史保存地区で石造りの建物が立ち並んでいる一帯で、大きな大聖堂、教会、国立宮殿、芸術宮殿などスケールの大きくてきれいな建物があり、またアステカ帝国の遺跡も残っています。
街を歩きながら、食事、買い物を楽しみ、近くにある大きな公園（アラメダ公園）で一休憩するのもいいです。

2日目
メキシコシティ内、一日使って観光できるスポットは以下の通りです。
（午前一ヵ所、午後は別のヵ所がおすすめです）
・Coyoacán（コジョアカン）：メキシコ人老若男女が集まり、いつも活気のある観光街。市場（食品，民芸品）、教会、公園、美術館（有名なフリーダ・カーロ美術館も近い）、カフェ、食事処、民芸品店など、歩いているだけでメキシコを体感できる。
・Chapultepec（チャプルテペック）公園・お城：スペイン副王朝時代に使われていたお城が公園内の丘の上にある
・国立人類学博物館：とても大きな博物館で、メキシコ全土の歴史・文明、また先住民文化を見ることができる。
・ほぼ一日使って、テオティワカン遺跡を観光：メキシコシティからバスで片道1時間半ほど。
・美術・芸術に興味があれば、美術館や壁画を観て周る。
・建築に興味があれば、メキシコ建築の巨匠ルイス・バラガンの自邸（世界遺産，現在予約制の美術館）を訪ねる。

Turibus（トゥリブス）という観光バスが、観光スポットを巡るので、効率よく色々な場所を周るにはオススメです。
：乗り降り自由、9：00～21：00、毎時2～3本で運行

Adiediousさん、こんにちは。

まず、女性一人で夜11時以降メトロを利用するのは、危険ですのでおやめ下さい。
独立記念塔あたり（ソナロサ地区）のホテルにご宿泊を希望されるとのこと、もし、外でネット環境をお持ちでしたら、配車サービス”UBER”の利用が最良かと思います。
公共交通でしたら、メトロよりもまだMETROBUSという路面バスの方が安全かと思います。
ソナロサ地区まででしたら、乗り換えなし、15～20分ほどで到着します。