私の記憶では、全部が全部閉まっていた訳ではなく、開いているところもあったはずです。ブリュージュは町並み自体が美しいので、散歩しながらお店を外から見るだけでも楽しめるとは思います。

秋ですと天気が崩れやすいので、足元にお気をつけください。数百年前に作られた道も残っていてとても歩きにくいです。

ベルギーの駅には改札がありません。その代わり電車の中で駅員さんに切符を確認されるシステムです。電車を降りたらそのまま別の乗り場まで移動すればいいだけなので、迷子にならない限り乗り換えに時間がかかるということは無いかと思います。

上記の通りですので、ブリュッセルでチェックインというのが電車のことであるならチェックインという作業はありません。

どのくらいの余裕を、というのは飛行機のフライト時間によります。ブリュージュ-ブリュッセル間は電車で1時間強、ブリュッセル-シャルル・ド・ゴール空港までは１時間半〜２時間ほどなので、乗り継ぎ時間も含めるとトータルデ4-5時間近くかかるかと思います。フライトが夜の便なら余裕はあると思いますが、午後一の便などであればブリュッセル泊が無難かもしれません。

ブリュージュからブリュッセルまでの切符は前日でも前々日でも購入可です。チケット販売機か窓口で買えますので、機械操作に不安があれば窓口で駅員さんに頼めます。

アントワープは観光よりも買い物がメインかもしれません。アントワープ中央駅とネロの最期で有名な大聖堂まではショッピングストリートとなっていて、徒歩20分ほどの間はお店が立ち並んでいます。このショッピングストリートに並んでいるお店の多くは観光客用のお土産ではなくzaraやユニクロなどのファッション系で、現地の若者やオシャレさんたちがショッピングに行く場所という印象があります。

ゲントやブリュージュはアントワープに比べると古き良き観光地といったイメージです。普通のお店もいっぱいありますが、ゆったりとしていて個人的には城下町的な印象が強いです。なのでより中世ヨーロッパを感じられるのはゲントやブリュージュになるかなと思います。

どちらにせよなのですが、もし一日余っているのが日曜日なら注意していただきたいのが、基本的にすべてのお店が閉まるということです。どの場所も町並み自体がきれいなので散歩するだけで楽しめますが、行きたい施設などがあるのなら事前に調べておいたほうが得策です。(逆に週末開いていて月、火は休みみたいなところもあります。)

最後まで楽しめますように。

ベルギーのどこに観光に行くかで宿泊先は変わってくると思います。

一週間の滞在でブリュッセル周辺のみの観光ならば、私はルーヴァン(Leuven)という街をおすすめします。ここは学生街なので治安もよく、ブリュッセルまでは電車で20分ほど、ブリュッセル空港からも電車で一駅で着きます。ルーヴァン自体もコンパクトで綺麗な街なので観光も出来ます。

ただ、一週間のうちアントワープやゲント、ブリュージュなどの北部をメインに観光する場合はそちらに宿を取ったほうが効率がいいです。ブリュッセルからこれらの観光地までは電車で1時間半〜2時間かかるので、毎日ブリュッセルからここに通おうと思ったら時間のロスになり、また体力の消耗も激しくなります。(各都市結構歩かないと観光できないので)

ベルギー旅行、楽しんでくださいね。

ブリュッセル南駅と中央駅は、治安の良さでいうと中央が一番安全とされています。
荷物を預けた後にグランプラス周辺にいるということであれば中央駅に預けるのが無難です。

ただし南駅と中央駅はそれなりに距離があるので、荷物を預けている間に南駅周辺に用事があるのなら南駅に預けるほうが良いと思います。