はじめまして。ギリシャでの車の購入、日本への輸送についてのご質問ですが、あいにく私は、車の購入、輸送について詳しくありません。もし、そちら様で業者をみつけた場合は、夫がギリシャ人なので必要書類等について問い合わせたりするお手伝いは出来そうですよ。

こんにちは！エーゲ海クルーズいうですね！
ギリシャの船の運行は天候に大きく左右されていて、波が高いと島から島へ航海出来ないことや、港で何時間も波が落ち着くのを待ったりは、日常茶飯事です。なので予定は未定的なことも考えておいたほうが良いですよ。
ピレアスの港のタクシー乗り場はすごく混んでいて、1時間待ったことがあります。時期にもよるので参考にならないかもしれないですが... 朝は、通勤ラッシュとも重なるのでピレアス港から空港まで高速で1時間はみていたほうがいいです。
メトロと電車で空港まで行くというてもありますが、港からメトロの駅が遠くて歩いてはいけませんし、メトロの中はあまり治安が良いとは言えないので、タクシーのほうが無難かと思います。駅に中を荷物を運んで移動するのも大変ですし、メトロと電車で空港まで1時間くらいはかかります。
シンタグマという中心街から空港までのシャトルバスが出ています。もし、夕方にアテネを出発するのでしたら時間に余裕があるので、メトロでピレアスからシンタグマまで行って、シンタグマでランチや博物館見学をしてシャトルバスで空港まで行くのもいいかもしれないですね。シャトルバスは、あまり遅れたりはしないので大丈夫だと思います。
ご参考になれば、幸いです。